Après un début de saison difficile, les Sochaliens enchaînent une série de quatorze matchs sans défaite et reviennent à hauteur du podium à mi-saison. Les jaunes et bleus se retrouvent 18e à la mi-saison. D’où le surnom des joueurs, les « Jaunes et bleus ». L’espoir est pourtant présent grâce au retour de Suaudeau et à l’émergence de joueurs formés par ce dernier et Raynald Denoueix : Desailly, Patrice Loko, Nicolas Ouédec ainsi que Stéphane Ziani, Christian Karembeu et Japhet N’Doram, intégrés à l’effectif au début de la saison 1991-1992. Le joueur tchadien en particulier montre un immense talent d’attaquant qui lui vaut bientôt son surnom trouvé par Joël Henry : « le Sorcier ». De retour en Ligue 2 treize ans après, le mercato est difficile pour le FCSM qui perd la plupart des joueurs cadres et enregistre l’arrivée de jeunes formés au club. Le mercato d’été 2012 voit le départ de deux joueurs cadres arrivés en fin de contrat (Renaud Cohade et Carlos Sánchez) sans qu’ils soient remplacés, la masse salariale du club étant placée sous le contrôle de la DNCG à cause d’un déficit estimé à 5 millions d’euros. Le club enregistre peu de mouvements lors du mercato hivernal, avec le départ d’Abdoul Camara (PAOK Salonique) et l’arrivée de Giovanni Sio en provenance de Wolfsbourg. Après deux exercices assez neutres ponctués à la 16e place puis 14e place place, le club retrouve les hauteurs du classement avec une septième place à l’issue de la saison 2020-2021. L’arrivée de plusieurs joueurs dans l’effectif comme Aldo Kalulu, tee shirt psg pas cher Gaëtan Weissbeck ou encore Rassoul Ndiaye participe au renouveau insufflé par Omar Daf. Le club s’est classé septième en championnat de Ligue 1, a atteint les quarts de la Coupe de la Ligue et a remporté deux nouveaux titres : le 12 juin 2007, le FC Sochaux-Montbéliard s’est emparé de la Coupe de France pour la deuxième fois de son histoire en s’imposant face à l’Olympique de Marseille, réalisant un doublé fabuleux puisque quelques heures auparavant, ce sont les jeunes du centre de formation qui ont remporté la Coupe Gambardella.
L’équipe composée d’une ossature issue de la Gambardella 2007 complétée de recrues venues de Ligue 2 propose un jeu très offensif reposant sur la technique et le collectif. Le parcours du FC Sochaux-Montbéliard en Coupe de France n’est guère plus brillant, l’équipe ne dépassant jamais le stade des huitièmes de finale. Articles détaillés : Bilan saison par saison du FC Sochaux-Montbéliard et Historique du parcours européen du FC Sochaux-Montbéliard. La saison suivante est à peine meilleure, marquée par une 13e place place en championnat et une demi-finale de Coupe de la Ligue perdue aux tirs au but à domicile contre Monaco (futur champion de France), à l’issue de laquelle Albert Cartier quitte son poste. La première en 2003 perdue 4-1 face à Monaco. Une embellie se produit pendant la saison 1998-1999 durant laquelle le FCSM est à nouveau en première division, mais il redescend aussitôt dans l’antichambre de l’élite où il restera deux saisons supplémentaires. Le FCSM doit composer avec un effectif très jeune et faire face à de nombreuses blessures lors de cette première partie de championnat. Le 16 mai 1976, le FCSM bat son record d’affluence avec 20 886 spectateurs pour la réception de l’AS Saint-Étienne. L’AJ Auxerre revient à l’AS Nancy-Lorraine après sa victoire en Coupe de la Ligue acquis quelques jours auparavant. La victoire des Francs-Comtois à domicile contre Clermont (2-0) assure leur maintien en Ligue 2 où ils se classent 15e place. Après un mauvais début de championnat, une 19e place au classement et une élimination dès le 1er tour de la coupe UEFA contre Panionios Athènes (défaite 0-2 à domicile puis victoire 0-1 à l’extérieur), Hantz est démis de ses fonctions le 12 décembre 2007, moins de 6 mois après son arrivée. Au début des années 1960, le FC Sochaux-Monbéliard est en difficulté et « fait l’ascenseur » : 17e du championnat en 1959-1960, après treize saisons consécutives dans l’élite, le club descend en D2 avant de remonter immédiatement à la fin de l’exercice suivant.
Statistiquement, la mission semble alors impossible pour l’OL, le seul motif d’espoir résidant dans le fait que le club bavarois a perdu ses quatre dernières demi-finales de Ligue des Champions, n’ayant plus atteint la finale depuis son cinquième et dernier sacre en 2013. Malgré ce statut de grand favori, le début de match est équilibré, le schéma tactique en 3-5-2 reconduit par Rudi Garcia laissant peu d’espaces à l’attaque munichoise et permettant aux Lyonnais d’agir en contre. Malgré cette qualification en Ligue Europa, l’entraîneur Francis Gillot quitte le club. Le 9 juin 2010, il signe un contrat de deux ans avec le RC Strasbourg afin de permettre au club de retrouver la Ligue 2. Malgré les difficultés financières du club alsacien, il parvient à hisser son équipe à la quatrième place du championnat National. Qualifiés dans la semaine pour les seizièmes de finale de la Ligue Europa après un terne zéro à zéro contre le Red Bull Salzbourg au vélodrome avec une équipe remaniée, l’Olympique de Marseille reçoit l’ AS Saint-Étienne, quinzième du championnat et qui reste sur une série de sept matchs sans victoire contre onze matchs sans défaite pour les Marseillais. Le FC Sochaux termine quinzième du championnat derrière Nantes et devant Toulouse. Le renouveau du FC Sochaux passe ensuite par la Coupe de France : le club élimine le FC Lorient en 32ème de finale, puis le Stade de Reims en 16èmes de finale. Une série de victoires et de matchs nuls permet au club de disputer une finale de maintien contre Évian Thonon Gaillard au stade Bonal lors de la dernière journée. Alors 17e de Ligue 1, le FC Sochaux s’offre les trois « gros » du championnat en battant l’Olympique de Marseille (3-1), le Paris SG d’Ibrahimović au stade Bonal (3-2) et l’Olympique lyonnais (1-2). Toutefois, le 19 février 2013, le président du club Alexandre Lacombe annonce sa démission.
Sochaux va ainsi connaître deux cinquièmes places consécutives remportées en 2002-2003 et 2003-2004, des matches mémorables en Coupe UEFA face aux plus grands d’Europe (4-0 face au Borussia Dortmund, deux matchs nuls face à l’Inter Milan, 1-0 sur le terrain du Sporting Portugal) et deux finales de Coupe de la Ligue. Le club totalise 22 victoires, site de maillot pas cher 10 matchs nuls et 6 défaites. Matchs disputés (toutes compétitions confondues) : Albert Rust (454 matches). Le club est porté par la génération des Yannick Stopyra, Bernard Genghini, Philippe Anziani, Albert Rust, Jacky Bonnevay encadrés par les vétérans Abdel Djaadaoui ou Patrick Revelli. En 2007, pour la première fois, le prince aborde sa vie privée dans un documentaire, Albert II, le prince méconnu. Le choix est payant au cours d’une première période durant laquelle aucune équipe ne se montre inspirée en attaque, mais le deuxième acte est bien différent : Thauvin, esseulé, récupère au milieu de la surface un ballon aérien mal dégagé et lobe de la tête Karl-Johan Johnsson (1-0, 57e). L’EAG subit puis sombre à la suite de ce but encaissé. Les révélations de cette équipe sont l’international algérien Ryad Boudebouz et Marvin Martin qui termine meilleur passeur de Ligue 1 avec 17 passes décisives et intègre l’équipe de France A en juin (doublé pour son premier match en Bleu face à l’Ukraine). À noter aussi la présence dans cette équipe de deux joueurs bosniaques de grand talent qui s’illustreront au club pendant plusieurs saisons, Faruk Hadžibegić et Mécha Baždarević. Mécha Baždarević, joueur emblématique du club pendant les années 1980, devient l’entraîneur du groupe. 12 millions d’euros demandée par la DNCG et le Groupe Nenking.
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